1.基本設置

本會最高權力機構是全員代表大會，每五年舉行一次，理事會是會員代表大會閉幕期間的執行機構；本會設立常務理事會，常務理事由理事會選舉產生；常務理事會由理事長、副理事長、秘書長及常務理事若幹組成，理事長為本會法定代表人。

學會無掛靠單位。學會辦事機構為秘書處，學會秘書處掛靠單位為國網甘肅省電力公司電力科學研究院，具體工作由電科院電源技術中心承擔。

2.其它設置

甘肅省水力發電工程學會及秘書處其它下設組織機構設置包括：

（1）6個專業委員會

水電站建築與施工管理專業委員會（掛靠甘肅省水利水電勘測設計研究院）

地質及勘探專業委員會（掛靠甘肅省水利水電勘測設計研究院）

動能經濟及水庫調度專業委員會（掛靠國網甘肅電力公司）

水電站運行管理專業委員會（掛靠國網劉家峽水電廠）

水力機械及金屬結構專業委員會（掛靠國網甘肅電科院）

風力發電專業委員會（掛靠蘭州理工大學）

（2）機構設置

設有綜合辦公室、財務部、經營外聯部、學術部、工程技術部、項目1部6個部門和《西部可再生能源與微電網》編輯組。